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“解码”新冠病毒,全基因组测序助力精准防控

发布时间:2021-11-16 15:05:43 发布人:疾病控制检验所 浏览量:2101次

2021年10月30日,是江西省无本土新冠疫情的第610天,上饶市铅山县报告了一例新冠病毒初筛阳性。该病例近14天无外出旅行史,病毒来源不明,省疾控中心疾检所立即开展新冠病毒基因组测序工作,15小时完成了病毒基因组测序溯源,初步分析为德尔塔株。经中国疾控中心进一步分析发现该病例样本的基因组序列与境外输入病例高度同源,与全国目前的内蒙古、黑龙江等疫情传播链无关,是一起新的疫情。

10月31日,根据省卫健委的统一部署,疾检所受中心指派迅速组建了以科室3名技术骨干为核心的核酸检测队,携4台移动方舱PCR实验室和大量物资弛援铅山县,进行全基因组测序工作的人员减少,压力骤增。为了“减员不减战斗力”,疾检所重新调整人员工作安排,增加排班频次,全力保障全基因组测序工作。自疫情发生以来,微生物大楼夜夜灯火通明,为了确保快速、精准的完成病毒溯源工作,疾检所同时采用二代和三代高通量测序技术,为测序工作设置“双保险”,10名实验室人员不分昼夜地开展工作,通过靶向扩增、文库制备、簇生成、上机测序与数据比对分析,完成了所有确认阳性且具备测序条件的样本的二代和三代基因组测序工作,测序结果显示所有病例均为同一传播链。

新冠病毒全基因组序列就是携带了病毒遗传信息的“密码”,通过全基因组测序分析能研判出病毒的毒株型别和来源,特别是对来源不明的病例,通过对基因组序列分析可以给出答案,是追溯病毒来源、监测病毒变异情况、查清传播链的重要技术手段,对新冠疫情精准防控具有非常重要的意义。

 

 

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样本制备

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测序上机 

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数据分析